組織図
| 各部の事業内容 | |
| 総務部 | 1. 定款、諸規程の設定・改廃、会員の加入、脱退、出資金関係事項、許認可・届出事項、文書類の収受発送、事務局人事関係、その他総務全般 2. 組織拡大に関する事項 |
| 財務部 | 1. 予算、決算事務他経理事務全般 2. 財務管理 |
| 総合企画部 | 医協活動に直結する新規事業の開発 |
| 広報部 | 1. 機関紙（全医協連ニュース）の発刊 2. 通販事業 |
| 福祉部 | 所属員の福利厚生に関する事業及び所属員の為の共済事業ならびに損害保険および生命保険代理業務 |
| 購買部 | 所属員の取扱う医薬品、衛生材料、医療用機械、その他医療業務に必要な資材の斡旋業務 |